Haneffe est un toponyme d’origine franque qui signifierait « terrain pentu vers le cours d’eau ». Cela colle assez bien à la réalité du site.

Le village connut une occupation depuis le Néolithique. Haneffe était le siège d’une seigneurie qui comprenait aussi Donceel, Stier, Harduemont et Ferrière. Elle était une des 32 seigneuries banneresses de la principauté de Liège, après avoir fait partie du comté de Moha. Les premiers seigneurs de Haneffe apparaissent en 1097 avec la mention dans une charte d’un Thierry de Haneffe. En 1536, la seigneurie passa aux de Mirbicht après les de Rochefort et les de Horne. S’ensuivirent une querelle d’héritiers et l’assaut du château par les hommes de Philippe de Donceel. Ce conflit ne cessa qu’avec le bannissement de ce dernier et de son épouse. A la fin de l’Ancien Régime, la seigneurie fut partagée entre trois familles.

Aux seigneurs du village s’ajoutèrent d’autres propriétaires terriens. Les Templiers fondèrent une commanderie qui passera aux mains des Hospitaliers. Des abbayes et des chapitres de Liège (Saint Lambert et Saint Jacques) et de Huy (Neufmoutier) y possédaient des terres qu’ils faisaient exploiter par les gens du village.

Comme la plupart des villages en Hesbaye, Haneffe vit sa population doubler au XIX^e siècle puis décroître, après 1890, à cause de l’exode rural vers le bassin liégeois. La population a longtemps vécu de l’agriculture et de l’élevage. Les prés, situés près de l’Yerne, étaient bien représentés. L’artisanat et le commerce ont toujours fait vivre certains habitants mais le village n’a jamais connu d’exploitation industrielle significative.