On a découvert des sites datant du néolithique sur le territoire de Jeneffe. Le village est traversé par la voie romaine Arlon-Tongres. Au Moyen Âge, la seigneurie relevait de la cour féodale de Liège. Le lignage local portant le nom du village eut une certaine importance puisqu’il acquit la châtellenie de Waremme. Le titre de châtelain resta d’ailleurs lié à celui de seigneur de Jeneffe jusqu’à la fin de l’Ancien Régime.

Plusieurs cours gérant des biens fonciers d’origine diverse siégeaient dans le village. Le chapitre saint Lambert et la Paix Dieu y possédaient des propriétés importantes.

L’église est une chapelle à l’origine dépendante de sa voisine de Limont. Elle fut érigée en paroisse en 1236. Saint Barthélemy collateur de l’église de Limont continua à y lever des dîmes.

C’est dans les campagnes entre Jeneffe et Dommartin qu’eut lieu une des plus sanglantes batailles du Moyen Âge entre le prince-évêque et les liégeois révoltés. En 1692 et 1715, le village eut aussi à subir des guerres de Louis XIV et de la succession d’Espagne.

Les habitants du village vécurent de l’agriculture et une activité fruitière se développa très fort jusqu’en 1895 et occupa plus de 10% de la surface exploitée. En 1831, on dénombrait 2 brasseries. Vers 1830, le chanvre et le lin étaient filés sur place.